In der Zeit von 1939 - 1945 leitete Dr. Hans Marschall, der spätere Direktor der Molkerei Stainach die Geschicke der Anstalt. Es wurde die milchwirtschaftliche Untersuchungsstelle der landwirtschaftlich chemischen Untersuchungsanstalt in Wien aufgelöst und Wolfpassing mit der Durchführung der Untersuchungen betraut. Zahlreiche Kurse zur Ausbildung von Kontrollorganen wurden abgehalten.
In den Jahren 1945 - 1955 war Dipl.-Ing. Alfred Glösl Leiter der Anstalt. Diese Epoche stand im Zeichen der apparativen und baulichen Ausrichtung auf einen modernen Versuchsbetrieb, hatte doch die Anstalt unter den Kriegsereignissen überaus stark gelitten. Anfang der fünfziger Jahre wurde der Lehrbetrieb auf eine Übernahmekapazität von täglich 20.000 kg Milch erweitert.
Da auch schon damals keine Möglichkeit bestand, zusätzliches Fachpersonal einzustellen, wurde beim Betriebsleiterkurs 1949 von den teilnehmenden Molkereidirektoren beschlossen, durch eine Beitragszahlung der Betriebe an einen neu zugründenden Verein, die Aufnahme von zusätzlichem Fachpersonal zu ermöglichen.
Die Statuten des Vereines, genannt "Verein der Förderer der milchwirtschaftlichen Versuchstätigkeit der milchwirtschaftlichen Bundesanstalten Wolfpassing und Rotholz" wurden von Prof. Dr. Zeilinger, dem späteren Vorstand des heutigen Institutes "Milchwissenschaft und Bakteriologie" und Rektor der Universität für Bodenkultur, erstellt.
Somit wurde im Jahre 1950 der "Fördererverein", der heute vor allem die Aus- und Weiterbildung von Fachleuten finanziell unterstützt, gegründet.
Als Gegenleistung erhielten die Betriebe die Untersuchungs- und Forschungsergebnisse der Bundesanstalten sowie weitere wissenschaftliche Artikel mittels der im Jahre 1951 ins Leben gerufenen Fachzeitschrift "Milchwissenschaftliche Berichte" übermittelt.
Erwähnenswert ist auch, dass den Molkerei- und Käsereibetrieben schon während der Kriegszeit bis zum Jahre 1960, Rahmsäuerungs-, Joghurt-, Acidophilus-, Emmentaler-, Tilsiter- und Rotschmierkulturen - genannt Laktazidkulturen - zur Verfügung gestellt wurden.
Im Jahre 1955 wurde Dipl.-Ing. Paul Jax zum Anstaltsleiter bestellt. Durch seine Initiative war es möglich, den für die Molkerei, die Versuchsanstalt und den Schulbetrieb so dringend nötigen Neubau zu errichten. In seiner Direktionszeit wurde auch die Tagungstätigkeit intensiviert. Vor allem wurden die "Molkereileitertagungen" zum fachlichen wie auch zum gesellschaftlichen Ereignis der österreichischen Milchwirtschaft.
Dipl.-Ing. Dr. Bruno Planckh, Leiter der Abteilung Landwirtschaft, folgte Hofrat Dipl.-Ing. Jax im Jahre 1967 als Anstaltsdirektor nach. Er leitete mit viel Umsicht und persönlichem Engagement 17 Jahre lang die Geschicke der Anstalt. Sehr umfangreich fiele eine Auflistung all seiner Aktivitäten aus, sodass hier nur einige wenige Weichenstellungen genannt werden können. Der Neubau des Molkereitraktes wurde zu Ende geführt, im Park des Schlosses wurde ein zweistöckiges Wohnhaus für Bedienstete gebaut und die Milchübernahme vor der Molkerei wurde neu konzipiert.
1983 wurde die Adaptierung des Arbeiterwohnhauses (Kaserne) abgeschlossen und das ebenfalls neu errichtete Kesselhaus in Betrieb genommen. Auch die Sanierung des Schlossgebäudes sowie der Bau der Großkläranlage wurden von HR Planckh initiiert. Leider konnte er die Fertigstellung seiner Projekte nicht mehr erleben. HR Planckh war nicht nur bei der Umsetzung verschiedenster Bauvorhaben überaus engagiert, er strebte auch die Erweiterung des Aufgabengebietes im Bereich der Lehrtätigkeit an.
Obwohl es im Jahre 1982 durch das Inkrafttreten des neuen Bundesanstaltengesetzes zu einer Namensänderung in "Bundesanstalt für Milchwirtschaft" kam, wodurch mit dem Wegfall der Bezeichnung "Lehranstalt" der Status einer Schule verloren ging, war es vor allem der Verdienst von HR Planckh, dass nach langjährigem Bemühen im Schuljahr 1982/83 an der "Höheren Landwirtschaftlichen Bundeslehranstalt Francisco Josephinum" in Wieselburg eine neue Fachrichtung "Milchwirtschaft und Technologie tierischer Produkte" ins Leben gerufen werden konnte.
Für diese anspruchsvolle Ausbildung war die Errichtung eines neuen Technologikums und eines neuen Internatstraktes geplant. Diese Fachrichtung, die als Schulversuch installiert war, wurde nach 2 Jahren leider wieder eingestellt.
Nach HR Dr. Planckh übernahm 1984 HR Dipl.-Ing. Heinz Hoffer für 1 Jahr bis zu seiner Pensionierung die Anstaltsleitung. Ihm folgte mit Beginn 1986 HR Dipl.-Ing. Dr. Heinz Winterer als Dienststellenleiter.
Die 2. Hälfte der achtziger Jahre war geprägt von einer regen Bautätigkeit im Schlossgebäude. Um die Dimensionen der baulichen Maßnahmen zu veranschaulichen sei bemerkt, dass 1.700 m3 Schutt von Mauern, Fundamenten und Gewölben aus dem Schloss geschafft, dass 1.500 m2 Decken ausgewechselt, 11.700 m2 an Innenputz und 4.000 m2 an Fassadenfläche erneuert wurden. Mehrmals mussten Umplanungen vorgenommen werden, da die Errichtung eines geplanten, separaten Internatstraktes nicht verwirklicht werden konnte.
Anlässlich der 60-Jahr-Feier im Jahre 1990 übergab der damalige Landwirtschaftsminister Dipl.-Ing. Dr. Franz Fischler das neu renovierte Schloss im Rahmen eines Festaktes dem Anstaltsleiter.
Mit dem land- und forstwirtschaftlichen Bundesschulgesetz 1988 wurde die Fachrichtung "Milchwirtschaft und Lebensmitteltechnologie" am Francisco Josephinum eingeführt. Seither wurden Schüler des 3., 4. und 5. Jahrganges in den fachspezifischen Fächern an der Bundesanstalt unterrichtet.
Auf Grund der neuen Marktordnungsgesetznovelle von 1988 trat ein neues Abrechnungssystem des Milchwirtschaftsfonds in Kraft, welches die Schaffung größerer Produktionseinheiten und damit eine Ausrichtung auf größere Produktionsbetriebe zum Ziele hatte. Obwohl die Milchanlieferung an manchen Tagen bis zu 60.000 kg betrug, wurde die Kapazität, um am freien Markt wirtschaftlich bestehen zu können, für zu gering erachtet. Somit wurde im BMLF der Beschluss gefasst, die Milchübernahme und die Produktion der Lehrmolkerei, der damals viertgrößten Molkerei in Niederösterreich, auf ein für den Forschungs-, Untersuchungs- und Lehrbetrieb erforderliches Maß einzuschränken.
Für die Anstalt bedeutete diese massive Reduktion des Produktionsbetriebes einen erheblichen Imageverlust, haben doch die Landwirtschaftsbetriebe der Region während eines Zeitraumes von über 60 Jahren täglich ihre Milch an die Bundesanstalt geliefert. Mit der Auflage, nur mehr im für die Ausbildung erforderlichen Ausmaß zu produzieren, wurde auch der Personalstand stark reduziert.
Vor allem ist der Arbeitsaufwand in der Abteilung Technologie, der Nachfolgeorganisation der Lehrmolkerei, nach Umstellung auf Kleinanlagen keineswegs geringer geworden, zumal die Palette an koscheren Produkten erheblich erweitert wurde.
Der Umbau des Wirtschaftshofes konnte nach mehrjähriger Bauzeit zweckmäßig gestaltet und eingerichtet werden. Hier war in modern ausgestatteten Räumen die Abteilung Maschinentechnik, die Abteilung Milchhygiene, die EDV-Zentrale, ein Direktvermarkter-Technologikum und ein Seminarraum untergebracht.
Im Jahre 1995 wurde eine neue Organisationseinheit, die "Abteilung Milchhygiene" mit dem Ziel eingerichtet, Fragen der Eutergesundheit, die eine entscheidende Auswirkung auf die Rohmilchqualität hat, im Rahmen von Forschungsprojekten und durch Routineuntersuchungen intensiv zu bearbeiten.
Auf die Notwendigkeit der Sanierung des aus dem Jahre 1928 stammenden Analytiktraktes, in dem sich auch ein Teil der Abteilung Technologie befindet, wurde schon in den neunziger Jahren aufmerksam gemacht. Leider wurde dieses Projekt zurückgestellt.
HR Dipl.-Ing. Dr. Heinz Winterer führte noch bis 30.09.2002 die Geschicke des Hauses.
In die darauf folgende Dienststellenleitung (ab 01.10.2002) unter Dr. Alfred Rammelmayr fielen die stärksten Umbrüche in der Geschichte des Hauses.
