Trotz der Erbringung von nachgefragten aber nicht zu den Kernkompetenzen der AGES zählenden Aufgaben beschloss die AGES ihrerseits, den Standort Wolfpassing zu schließen. Dies betraf die ehemaligen Abteilungen Verwaltung, Chemie, Mikrobiologie und Milchhygiene. Einzig die von früheren Abteilungen Technologie und Maschinentechnik bearbeiteten Fachbereiche werden fortgeführt.
Gründe dafür waren die umfangreichen Ausbildungskooperationen mit der Höheren Bundeslehr- und Forschungsanstalt Francisco Josephinum für Landwirtschaft, Landtechnik, Lebensmitteltechnologie (FJ) in Wieselburg sowie mit der Fachhochschule für Wirtschaft und Technik Wiener Neustadt, Studienrichtung Produktmarketing und Projektmanagement, ebenfalls in Wieselburg. Beide Bildungseinrichtungen besitzen im Lebensmittelbereich keine für die praktische Lehre notwendigen Ressourcen und benutzen deshalb die Labors und Technologika in Wolfpassing. Eine ersatzlose Schließung hätte damit die Gefährdung dieser Fachrichtungen bedeutet.
Mit Stichtag 10. September 2004 legitimiert eine Verordnung des Bundesministers für Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft die Mitarbeiter am Standort weiter tätig zu bleiben. Diese AGES- Übertragungsverordnung sieht vor, dass die AGES geeignete Sachmittel und Personal zum Zwecke der Erbringung von Unterrichtsleistungen für das FJ zu Verfügung stellt, womit der Lehrbetrieb gesetzlich abgesichert bleibt. Alle anderen außerschulischen Leistungen werden als Profitcenter des FJ erbracht.
Mit 1. April 2004 übernahm der Leiter der ehemaligen Abteilung Technologie, DI Martin Rogenhofer, die Führung des LMTZ.
Aufgrund des schlechten baulichen Zustandes des LMTZ Wolfpassing entstand am Standort des FJ in Weinzierl ein neues Technologikum, wo seit Oktober 2007 die Aufgaben weitergeführt werden.
